华为Mate40搭载的是麒麟9000E 5G SoC，虽与其他三款新机均配备的麒麟9000 5G SoC不同，但整体性能差距不大，已经可以满足大部分用户的使用需求，运行大型软件或者游戏毫无压力。麒麟9000E 5G SoC集成了华为的巴龙5000 5G基带，搭载华为自研的图像信号处理器ISP 6.0，支持LPDDR5/4X的运行内存、UFS闪存，另外支持HIiFi音质以及4K HDR视频等。

内存方面采用的是8GB运行内存+128GB存储组合版本和8GB运行内存+256GB存储组合版本，支持内存优化拓展，8GB可以当作10GB使用。

另外，华为Mate40系列手机的闪存容量有128GB、256GB、512GB三种，实测持续读取、写入速度分别达到了1966MB/s、1280MB/s，这个性能比UFS 3.1闪存还要快。