既然是SE系列，那肯定意味着它的性能不会像Neo6一样极致，搭配骁龙870也是可以理解的。对于相当一部分玩家而言870才是YYDS，它虽然不如骁龙8的极致性能那么强，但胜在功耗低发热小，且在日常游戏当中差异感受并不是那么明显，这就为整机续航和使用体验带来了极大的优势。iQOO Neo6 SE还配备了超频版的UFS3.1闪存，在数据的传输速度上也有着不错的表现，在日常使用中，应用安装以及游戏加载等方面都会有更快的速度。

在《王者荣耀》游戏中，iQOO Neo6 SE可以以120帧的帧率运行游戏，，经过PerfDog测试，iQOO Neo6 SE运行《王者荣耀》的平均帧率为118.4FPS。帧率即使波动也基本都在90FPS以上，游戏过程非常流畅。

从游戏情况来看，iQOO Neo6 SE在游戏方面的表现是相对可靠的，用户使用手机可以获得流畅稳定的游戏体验。iQOO Neo6 SE的散热总面积达到了36907mm²，在有限的机身空间内填充了多层石墨散热结构，实现高效的散热，从而实现游戏的持续流畅运行。

iQOO Neo6 SE配备了全新游戏魔盒侧边栏，可以快速调整手机性能模式、网络等，还支持小窗打开其它应用，便捷性很好。

值得一提的是，系统还带来了系统小窗功能，游戏过程中，可以以窗口方式开启短信以及浏览器界面，不影响操作的同时，可以收发信息以及查阅浏览器的内容。